Do systému eZdravie sú ukladané zdravotné záznamy pacientov, preto je dôležité bezpečné overenie pacienta a aj zdravotníckeho pracovníka, ktorý zdravotné záznamy vytvára alebo k nim pristupuje.
Na jednoznačné určenie každého pristupujúceho používateľa do systému eZdravie slúži elektronický preukaz. Na identifikáciu a prístup do systému eZdravie používa pacient - občiansky preukaz s elektronickým čipom (eID) a zdravotnícky pracovník - elektronický preukaz zdravotníckeho pracovníka (ePZP).
Pacient využíva občiansky preukaz s elektronickým čipom (eID) na svoju identifikáciu u všeobecného lekára, lekára - špecialistu alebo v lekárni. Prostredníctvom eID má tiež prístup k svojej elektronickej zdravotnej knižke (EZK).
Zdravotnícky pracovník využíva elektronický preukaz zdravotníckeho pracovníka (ePZP) na prístup do systému eZdravie ako aj na elektronické podpisovanie zdravotných záznamov, ktoré v elektronickom zdravotníctve slúži ako náhrada jeho doterajšej pečiatky.
Pracovník v zdravotníctve s prístupom do NZIS je osoba oprávnená pristupovať k dátam elektronickej zdravotnej knižky cez elektronické služby a na jej overenie je potrebné použiť elektronický preukaz.
